PS3版《机动战士高达VS 极限进化》将有独特的原创模式,以及自定义BGM编辑模式,使用PSN进行联机对战。《高达VS》系列的最大特征就是其2 ON 2的小队战,这一系统从初代沿袭至今。如果1对1的话纯粹就是看玩家双方的水平,但如果2 ON 2的话玩家之间的合作将对胜败造成很大的影响。在本作中,双方小队都将有6000的战力槽,先把对方的战力槽削减为0的一方获胜。每台机体都有1000、2000、2500、3000的COS值的设定,如果将其击堕就会减少相应的战力槽。COS越高机体的性能越高。在本作中机体除了移动之外还有射击、格斗、锁定切换与冲刺等四种动作可以操作。除此之外,还有能起到一发逆转的EX系统。如果不善用此系统极有可能无法掌握胜利。高速移动的喷射冲刺,与短距离中使用的围绕对方行动的高速移动,这两种移动方法都可以在攻击与回避中起到很大的作用。而且在摆脱攻击后出现的硬直动作与攻击动作取消方面十分实用。被击中、受到攻击、自机或僚机被击堕时都会使EX槽上升。当到达一半以上时就可以发动EX系统,这时可以在一定时间内让机体的能力大幅上升,并会出现一些动画中的经典画面。